2003年9月，借助中国科协2003年学术年会在沈阳召开之际，沈阳医学院在市委、市政府及市科协的大力支持下，从打造学术制高点的战略高度出发，抓住机遇，招贤纳士，成立了沈阳医学院特邀院士工作站。建站十五年来，学校领导班子紧密结合学校的实际和特点，努力创新工作方式，以感情对接、项目对接、人才培养对接和学术交流对接的“四对接”方式积极推动引进人才、引进智力、引进项目的“三引进”工作，在提高学术水平、强化学术队伍、打造科技平台等方面成效显著，为提高学校办学层次、提升核心竞争力做出了重要贡献。刘以训、陈洪铎、樊代明、徐建国等10位造诣深厚的中国科学院、中国工程院院士先后成为我校院士工作站进站院士。

以院士工作站为载体，学校实现了多项从“无”到“有”，从“少”到“多”的跨越式发展记录。学校自2004年起先后获得40项国家自然科学基金项目资助，2018年突破6项；环境与人口健康实验室被评为辽宁省高校重点实验室，环境污染与微生态实验室等3个实验室成为辽宁省重点实验室；病原生物学学科成为辽宁省重点培育学科及优势特色重点学科；2013年荣获辽宁省自然科学学术成果特等奖，2014年荣获辽宁省科技进步一等奖；2010年附属中心医院手外科被确定为全国博士后科研工作站；2007年和2009年人体科学展览馆先后获批市级和省级科普基地；2013年学校获得硕士学位授予权，基础医学、公共卫生与预防医学获批为硕士学位授权一级学科，2014年获得临床医学专业硕士学位授权；2018年学校成为中国医药教育协会微生态与健康教育专业委员会挂靠单位；2019年，学校在“中国最好医科大学”综合排名中位列第35位。

2004年，我校获得市人才工作办公室、市科协颁发的“沈阳市创建院士工作站突出贡献奖”。2015年荣获“沈阳市先进院士专家工作站”荣誉称号，刘以训院士荣获“沈阳市院士专家工作站优秀个人”荣誉称号。2016年，在沈阳市科协院士专家工作站工作运行状况绩效考核中荣获“优秀”。2017年，我校院士专家工作站顺利通过全国院士专家工作站认证，先后被评为“辽宁省示范院士专家工作站”和“全国示范院士专家工作站”，是我省迄今入选全国示范站的唯一一所高等学校。2018年，学校院士工作站再次被评为“沈阳市先进院士专家工作站”，樊代明院士荣获“沈阳市院士专家工作站优秀院士专家”荣誉称号。